胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
如果肾囊肿直径较大，超过5cm，或者是产生周围组织压迫的情况时，可以引起尿路梗阻的，需要行囊液抽吸术并行囊内注射硬化剂，这样可以避免囊肿的再次扩大。如果肾囊肿的直径>10cm，囊肿表现的比较巨大，对于肾脏组织压迫也影响比较大，需要手术治疗。
肾囊肿最好先检查囊肿的大小，如果是比较小的囊肿或者是没有对周围组织产生影响的囊肿不需要治疗。如果是比较大的囊肿，或者是已经对周围组织产生压迫，则需要通过注射硬化剂或者是通过手术来治疗。
肾囊肿较小的一般无需治疗，单纯性肾囊肿对周围组织和肾功能影响不大，无需特别关注，若囊肿直径超过10厘米，则要进行手术切除，通过腹腔镜的方法，可对肾囊肿进行去顶，通过释放囊液，达到治疗效果。饮食上要补充高纤维，高维生素的食物，如玉米，小麦等，多吃新鲜的水果蔬菜，戒烟戒酒，不要吃辣椒，海鲜，油炸性食品。
可以通过服用利水渗湿祛湿的药物来治疗，如果肾囊肿比较小是可以起到一定的效果的。中医认为本病多是由于肾精不足、痰瘀阻滞、脉络不畅所致。平时饮食宜清淡，注意防寒保暖，避免过度劳累。