孩子晚上睡觉摇头，首先要排除孩子的神经系统发育不良的可能，这个需要到医院儿科给孩子进行全身的体检，以及肢体功能的肌张力检查。如果孩子伴随肌张力、肌力异常的话，多考虑有神经系统发育问题，需要进一步进行头颅磁共振的检查，明确病情。另外，孩子如果是缺钙的话，也可能会引起，在医院检查微量元素就可以明确诊断，诊断明确后对症治疗。
一般宝宝在睡觉时摇头，湿疹是比较痒的，所以当枕部湿疹瘙痒时，会通过摇头来解痒，会导致头皮发痒，宝宝摇头来摩擦解痒。二，缺钙，宝宝的生长速度如果过快，没有及时补充维生素D，那么这个时候，就会出现摇头的现象。
一般来说，三个月大的宝宝睡觉摇头有以下几方面原因：
1、皮肤瘙痒：如果伴发有湿疹、痱子等，从而引起三个月大的宝宝睡觉摇头的症状，建议家长及时带孩子去医院治疗。
2、缺乏钙：缺钙可能会影响到正常的肌肉或神经功能，从而出现该症状，此时建议家长在医生的指导下选择碳酸钙颗粒、小儿碳酸钙D3颗粒等药物给孩子吃。
宝宝的身体发育的各项指标都很正常，摇头是正常的，宝宝只是想通过摇头来吸引家长的注意力。如果宝宝在经常摇头的同时，还出现嗜睡、夜惊等症状，则可能是由于缺钙所致，此时在饮食方面就需要多补充钙元素。
宝宝睡觉摇头有一部分是因为婴儿新陈代谢快，植物神经功能不成熟，入睡后出汗多，汗液刺激头皮，出现瘙痒症状，所以会摇头。另外佝偻病宝宝也会出现多汗和易激惹，神经兴奋性增高，夜间容易出现惊醒和摇头。
引起婴儿入睡摇头晃脑的原因有很多种：
一是头痒，有个风俗是婴儿满月之前没有为婴儿洗发，使头发变得脏乱，若大量流汗，则可使头皮痒得难受，婴儿不表达，只靠摆头减轻痒状；
二是婴儿头湿疹，由于大量流汗或者穿厚厚的衣物，使湿疹发作，还会痒得很厉害，靠头前后磨蹭才能达到搔痒效果；
三是钙、维生素D不足可使婴儿大量流汗，头皮痒得厉害，使婴儿爱往返摩擦。
