避孕药可能会刺激子宫内膜脱落，导致撤退性阴道出血。
长期服用紧急避孕药也可能造成不孕和闭经，孕避孕药由于其具备抑制，延迟排卵的作用和抑制子宫内膜脱落的作用，可使下次月经延期，也可能由于临时用药造成的一次性血液中激素水平的暂时升高，下降后发生撤退性出血，表现为月经提前，避孕药的副作用可能导致内分泌紊乱、月经不调、闭经、不孕或者肠胃不适、头痛、体重增加、神经紧张、情绪低潮、皮肤色斑和粉刺等。
建议不要把紧急避孕药作为常规的避孕方法来使用，建议在日常生活中如果想避孕，可以用避孕套给予避孕。也可以上节育环进行避孕，并且副作用相对非常小。
一般情况下，紧急避孕药虽然有不同的品种，但是紧急避孕药的主要成分并没有大的区别，一般都是以大剂量的孕激素或者是抗孕激素的药物为主。
如果吃避孕药，比如短效避孕药由于是雌孕激素的合剂，很可能会造成皮肤的改变，出现皮肤粗糙、弹性下降，并且出现没有光泽、长色斑的情况，不管是哪一种紧急避孕药，在一年内服用不能超过三次，否则容易造成月经紊乱，如果没有办法调整过来，对以后的生育能力会造成影响。
紧急避孕药会导致内分泌紊乱。
紧急避孕药是一种避孕失败的药物补救手段，紧急避孕药含有高剂量的雌激素，会扰乱内分泌，可能会影响月经周期，多次服用可能会导致闭经甚至不孕导致类早孕反应、月经失调等；副作用比较大。
建议不能经常服用，他只能做为非常临时的一次补救措施；紧急避孕药对子宫内膜的伤害很大，可以用维C来帮助恢复。
相对来说，抗孕激素制剂的紧急避孕药副作用比较小。
一般情况下，紧急避孕药的副作用都比较大。不过相比起来，米非司酮片这种抗孕激素制剂的紧急避孕药副作用比较小。另外两种，分别是单孕激素制剂和雌孕激素复合制剂，比如左炔诺孕酮片，复方左炔诺孕酮片等，副作用相对可能比较大。在使用后可能会出现反胃、呕吐、腹部疼痛、不规律的阴道出血、经期失调等不良反应。
站在临床的角度就是不要小孩的阶段选择避孕套这是相对安全性也是有效的，基本就没有副作用。平时注意个人的卫生，限制油腻生冷辛辣刺激食物的接触，不用去过度的紧张担心。营养支持去控制还是比较重要的。如果是药物流产一年有两次，那么对于身体的损害还是比较大的。
