甲状腺突眼的治疗选择局部有一些滴眼液结合临床，选择合适的药物，还需要注意积极治疗甲状腺疾病，如甲亢等，严格遵医嘱，选择合适的药物进行治疗，定期进行复查随诊，调整用药剂量。
甲状腺突眼头晕呕吐可以服用治疗甲亢的激素药物或者舒肝和胃的中药，使眼球后纤维化的变性组织逐渐恢复，应根据具体的复诊结果来修改药量。尽量不吃生、冷、油腻等不易消化的食物，少食多餐。
甲亢的突眼要根据突眼的种类和程度来选择治疗。甲亢突眼分为单纯性突眼和浸润性突眼，单纯性突眼主要表现为眼球轻度突出、眼裂增宽等眼征，与甲亢引起的交感神经兴奋增高有关。浸润性突眼患者的眼部会出现异物感、胀痛、畏光、流泪、复视、视力下降等症状，严重者眼球固定，眼睑闭合不全，角膜外露导致角膜溃疡、全眼炎甚至失明。
甲亢是治疗甲亢的基础治疗方法。随着甲亢的缓解，大部分患者的突眼情况会自行缓解。轻度甲亢突眼是自限性的，一般不需要强化治疗，可以局部治疗，如戴有色眼镜、减轻畏光、使用人工泪液、夜间覆盖角膜等。治疗角膜时，可抬高床头以减轻眶周水肿。根据上述治疗方案，对于活动期、发病6~12个月的中度、重度突眼患者，可给予糖皮质激素冲击治疗，也可采用眶放射治疗、眶减压手术等方式进行治疗。
浸润性突眼可以采用放射性131碘治疗。伴有高代谢症群者，用小剂量抗甲状腺药物缓慢地控制甲亢辅以其他治突眼的方法是比较安全可取的措施，但有时也可导致突眼恶化，故在疗程中必须随时观察，防止其发展。
婴儿突眼症需要去医院进行一个甲状腺功能化验及彩超检查，看是不是因为甲状腺功能亢进引起的突眼，若不是可以进行手术治疗。如果是因为甲状腺功能亢进引起的突眼，可以通过药物进行治疗。
甲亢形成的突眼一般可以通过保守治疗、手术治疗等方式进行治疗。
甲亢患者形成突眼叫做甲状腺相关性眼病。不仅会影响到视力，还能引起眼部疼痛等症状，甚至还会出现眼压增高和颅内出血等并发症。甲状腺相关性眼病为眼眶疾病中最为多见的一种，是由自身免疫引起的慢性眼眶性疾病。可表现为眼压升高和泪膜破裂出血症状。对甲亢性相关性眼病，目前分三个部分，分别采用手术治疗和放射治疗，和药物治疗。其中手术治疗是最为常用的方法。药物治疗则有免疫抑制和糖皮质激素、肉毒杆菌、毒素，在甲状腺相关性眼病急性发作时，这些疗法能尤其有效地改善软组织炎症。