阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
可以到专业的中医院找中医把脉，综合舌苔和脉象，在药师和医师的指导下应用益精填髓，补中益气的药物进行调理。生殖器发育异常，中医所说肾精亏虚，肾气不固，西医多考虑阴茎海绵体发育异常和激素水平的下降。
阴茎短小跟先天性的遗传因素直接的关系。如果想进行治疗，可以考虑通过手术的方法进行治疗。如果阴茎在勃起后大于10厘米是属于完全正常。还有就是体重的过度肥胖的病人。也可以造成阴茎短小的情况。
性生活时间只要不低于二分钟就是正常的，阴茎短小没有什么药物可以治疗。阴茎大小存在个体差异。勃起后长8-16cm，自然状态下长3-5cm，如果勃起小于8厘米，疲软小于3厘米就属于阴茎短小。18周岁生殖器就发育成熟了。如不满意，阴茎延长术是实现成年人阴茎延长的方法，只有手术来治疗。
阴茎短小可以做阴茎延长增粗手术的，可减少压力，但要有手术的适应症。选择正规的医院进行阴茎延长增粗手术，术后效果较好。平时可做增长阴茎运动，每天自我锻炼，一手摁住茎根，一手捏住龟头往上拉，反复多次。