肾囊肿有可能基因突变也是引起的发病，也有可能是先天遗传因素是肾囊肿最常见的，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等，有些感染的原因产生了有利于肾囊肿基因变化的因素，也可以引起肾囊肿。
肾囊肿可以由很多原因引起，先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一，基因突变也是引起肾囊肿的发病原因之一，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等都会引起肾囊肿。具体原因可以到医院进行检查。
肾囊肿一般多见于先天形成。没有明显的异常原因，有可能是与结石及遗传和感染等因素有些关系。如果是有疼痛的情况还是要考虑手术治疗处理才好，药物治疗效果是不太好的，因此主要治疗手段是手术切除囊肿，中小手术，不会有危险性很高的。
囊肿一般都是先天性的，胎里带来的，从生出来就有的，但是后来囊肿可能逐渐增大，增大以后压迫到邻近的器官或者自己的器官负担过重。我们可以进入注射治疗，可以穿刺进去以后在囊肿里注射药物，让囊肿彻底萎缩坏死，就能达到一定的治疗目的或者干脆手术切除也可以。
肾囊肿如果较大，比较明显的压迫肾实质导致肾实质变薄，或者可能与肾盂接触导致肾盂、肾盏受压，可能会引起尿蛋白，也就是蛋白尿，但患者还需要去肾内科积极就诊，以排除其它疾病导致的蛋白尿，如肾病综合征或者肾炎综合征也会引起尿蛋白，但患者应该明确是否存在血尿、蛋白尿、高血压、水肿或者高脂血症。
肾囊肿的病因不完全清楚。目前认为它一方面和年龄有很大关系。随着年龄的增加，肾的远端小管和集合管的憩室也增加，憩室逐渐增大，里面有囊液填充，就形成了囊肿。另一方面，肾小管的阻塞和肾实质缺血可能也参与了本病的发生。