慢性细菌性痢疾的治疗原则是消除感染、提高机体的抗病能力和调整肠道的功能。急性细菌性痢疾是由治疗不及时、疗效不明显、营养不良引起的。其主要症状是腹痛，腹泻，腹胀等。在治疗方面，如果出现志贺菌，需要立即口服双歧杆菌三联活菌散，并配合口服思密达等肠粘膜保护剂，以调整肠道功能。2%的磺胺银可以保留灌肠，也可以口服中药来调理身体，提高免疫力。
通常情况下，婴儿细菌性痢疾腹泻可以通过药物来治疗。具体情况分析如下：
婴儿细菌性痢疾腹泻的治疗，首先是应用抗菌素，细菌性痢疾是感染了痢疾杆菌造成的，此时就要应用头孢克肟等头孢菌素进行抗细菌治疗，等肠道的细菌被杀灭以后，孩子的腹泻症状自然就会好转。其次是给予对症支持治疗，如果腹泻的量比较多，要给予口服补液盐以纠正脱水和电解质的紊乱；发热超过腋下38.5度时，要给予布洛芬退热。
急性菌痢的患者会出现腹痛，低热，血便以及恶心呕吐等症状，起病比较急但是肠道的炎症反应比较低。而慢性菌痢的患者会出现疾病的反复发作，并且会变化为结肠溃疡性病变，溃疡的边缘会有息肉的形成，严重的患者体内肠腺会出现堵塞，形成囊肿。而中毒性菌痢的患者则可能出现中毒性休克等症状。治疗细菌性痢疾应该对患者进行胃肠道隔离以及卧床休息。
治疗的方法有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。还有循环衰竭的治疗法基本同感染性休克的治疗。主要有扩充有效血容量，纠正酸中毒，强心治疗。
常见的治疗方法有：局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。还有控制高热与惊厥治疗法，高热者给予物理降温和退热药。伴惊厥者可采用亚冬眠疗法。
治疗的方法有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。还有抗感染的治疗方法，选择敏感抗菌药物，静脉给药，待病情好转后改口服。
