巧克力囊肿癌变的症状是下腹不适感，为病人未触及下腹肿块前的最初症状。由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使肿瘤在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致病人有下腹或骼窝部充胀、下坠感。
卵巢巧克力囊肿有癌变的可能。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上而形成，对于卵巢的巧克力囊肿，恶变的可能性比较少见。临床上有一些情况，需要警惕卵巢巧克力囊肿恶变的可能，卵巢巧克力囊肿的直径比较大，直径大于10cm，需要考虑有卵巢巧克力囊肿恶变的可能。
巧克力囊肿癌变的几率非常小，一般是子宫内膜异位造成的，但是可能会影响生育，所以出现巧克力囊肿需要及时的手术，去正规大医院手术，大医院的医生相对经验丰富，设备比较先进。
理论上巧克力囊肿是不会癌变的。但是长期的巧克力囊肿，比如有10年、15年、20年的人，会发现巨大的巧克力囊肿一直保留在体内，没有做手术的时候往往会有癌变的可能，但癌变率极低，不超过5%。
巧克力囊肿一般超过三厘米是属于严重了，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的其中一种，要高度重视积极正确治疗，饮食上要注意多补充维生素，多吃水果，尽量不要吃辣椒海鲜等刺激性食物。
巧克力囊肿的癌变率并不高，只有1%，也就是100个病人可能会有1个病人发生癌变的情况。恶性巧克力囊肿其囊肿直径大于等于3厘米。恶性巧克力囊肿，如果不及时治疗，就会破裂，或者说癌变。
