治疗扁平疣的最佳方法是局部用药，物理治疗和外用药物调节，可有效缓解扁平疣的症状。结合中药治疗，效果更明显，可减少扁平疣的发生。能够有效地缓解扁平疣的症状。
一般情况下，扁平疣去除可以用维A酸软膏、咪喹莫特软膏等，具体内容如下：
扁平疣去除可以用0.05%-0.1%的维A酸软膏来清除扁平疣，一天1-2次，清洗干净后再涂上5%的咪喹莫特软膏。可以口服免疫调节剂，如干扰素、左旋米唑等。其次可以采用物理治疗，如冷冻、电灼等。另外还要多做运动，提高身体素质。人乳头状瘤病毒会导致皮肤粘膜疾病，当人体的免疫力提高后，扁平疣就会自动消失。
如果有扁平疣，可通过以下药物治疗：
1.可以服用重组人干扰素α-2b凝胶、咪喹莫特软膏等调整免疫力的药物；
2.还可以选择维A酸乳膏、他扎罗丁凝胶、阿达帕林凝胶等维甲酸类的药物。外用药渗透性、吸收性都比较差，而且皮损比较多；
3.可以通过激光、电灼等物理疗法来进行；
4.免疫功能低下的人容易得扁平疣，所以可以服用一些可以提高免疫力的药物，例如转移因子胶囊。
扁平疣芦荟不能涂的，可以外用抗病毒的药膏来进行治疗的，也是可以选择激光的方法来进行治疗，同时要做好消毒，不要抠，以免引起感染的情况，还有就是要注意平时的护理的。
人体免疫力下降也容易导致疾病的发生，治疗期间可以加入薏米的，对于扁平疣的治疗我个人首选激光去除疣体，再结合药物治疗更佳。薏米有药食两用的功效，薏米有祛湿，提高免疫力的作用，对于用于扁平疣的治疗也是可以的，扁平疣属于病毒感染所引起的。
