尖锐湿疣必须采用综合治疗，对于单发面积小的湿疣，可手术切除，对巨大尖锐湿疣这个性病，可用Mohs氏手术切除，手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净，另外还可采取冷冻疗法，激光治疗，电灼疗法，微波治疗等，不要吃辛辣口味刺激性食物，一定要休息好。
尖锐湿疣的病毒并不在体内，是在皮肤的表皮层和真皮层之间。治疗医院对于尖锐湿疣持不同的看法，治疗方法也不同，一般是可以短时间控制病毒复制，但是之后还是容易再次发生新的赘生物。传统的这些治疗方法没法清除治疗，不但长时间难以把尖锐湿疣治好。
初发可以用激光治疗，术后在配合药物及做好术后的护理效果不错，对于复发的就用纯中药内服外泡结合治疗，彻底清除皮肤黏膜下的病毒，提高免疫力，标本兼治。多休息，定期复查的。
尖锐湿疣属于性传染性疾病，如果有性生活会传妻子的，如果已经确诊是尖锐湿疣，要积极抗病毒治疗，在服用抗病毒药物的基础上，加上中药熏洗抗病毒，治疗半年以上，如果没有复发，才可以停止用药，一定要夫妻双方共同治疗。且可将病毒带至其他部位，使病灶迅速扩大以及很多其他的危害，故应禁欲，应待病灶消除，创面痊愈后恢复房事。刚恢复房事时，动作不宜过猛，过急，以防新生上皮擦伤。
需要进行治疗，可在医院外治疗，指的是在家可自行治疗，主要是抗生素类乳膏等局部药物治疗。也可在医院内治疗，指的是在医疗机构开展的治疗，主要是物理治疗和手术治疗等。一般治疗后皮损可以改善或消退，治疗可能会减少HPV感染，但很可能不会治好感染。如果选择不治疗，尖锐湿疣可能自行消退，可能保持不变，也可能增多、增大。