巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。
巧克力囊肿最大的症状就是痛经，也可以表现为不孕，月经异常等其治疗需要根据年龄，症状以及生育要求等全面考虑，病变轻微，症状不明显的可以随访观察，痛经明显地可以药物治疗，有生育要求的可以采用保留生育功能的手术治疗。属于需要保留生育功能的，可以采用能够保留生育功能的手术方式，切除患病部位保留卵巢，既保留了生育功能，又保留了卵巢功能。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
巧克力囊肿的手术费用在5千元-6千元，巧克力囊肿是妇科病中最复杂的病，是患病女性挥之不去的梦魇，是最不易治疗的良性肿瘤。到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。无论是保守手术还是药物治疗，效果均不理想，而手术又不适合想要生小孩的女性，这么棘手的疾病却拥有一个很讨巧的名字：巧克力囊肿。要去正规医院进行治疗，不要耽误治疗时期。