直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。
饮食欠规律：饮食是肠胃的最大侵袭者，甚至有肠胃医生坦言：直肠炎就是吃出来的。如果一个人在饮食上长期不规律或无节制，那么很容易导致直肠炎的发生；病毒及病菌感染：这在直肠炎形成的原因中是最常见的因素，只要直肠粘膜或肛门粘膜的免疫力出现异常，一系列病菌就有可能引发局部感染，进而产生直肠炎症。
直肠慢性炎症是直肠癌的一大病因，如慢性溃疡性结肠炎、慢性血吸虫病形成的肉芽肿等与结直肠癌的发生有直接的关系。其病程愈长，发生结直肠癌的可能性愈高，20年以上的溃疡性结肠炎，结直肠癌的发生率约为20－40%。
疱疹性直肠炎发病过后是很严重的，这种疾病发作过后会导致人们直肠出血，还会使得直肠排出很粘稠的液体，如果是单纯疱疹病毒感染导致的直肠炎，则很有可能导致病人的肛门剧烈疼痛，会使得便秘及腹泻现象交替出现，在病人的大便里面会看见很多粘液以及血丝，病人大便的时候肛门会有灼痛感，这主要是因为大便里面的分泌物对于肛门周围刺激导致的。
肠道疾病很容易引发直肠发炎。直肠处于肠道的末端，肠道得了疾病后，污物及感染都要经过直肠而排除，这很容易导致直肠炎的发作。大便秘结、腹泻、痔疮、肛门直肠狭窄、直肠损伤、直肠病变等肠道疾病都有可能直接促发直肠炎。