肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
肛瘘反复发作，肛门分泌物可引发肛门湿疹导致瘙痒，影响生活、工作。肛瘘炎症反复刺激，部分人可出现发热、感染等症状。肛瘘出现感染、发热症状，须尽快就医，查看肛瘘是否局部形成脓肿，如果有脓肿形成，需手术切开引流。
肛门口周围流脓周期性发作，时有时无，脓液较少。肛门口周围肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肛门口周围有肿块，大部分可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。
肛瘘在早期最常见的症状就是流脓，明确诊断之后，积极进行治疗，否则很容易使病情进一步扩展，增加治疗难度，除此之外在日常生活中，一定要注意饮食，禁忌生冷刺激辛辣食物，注意好个人卫生习惯。
肛瘘的早期症状疼痛瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。