巧克力囊肿是可以通过妇科检查的方式来判断巧克力囊肿的主要发病部位，对于子宫内膜异位症的病人来讲，是很容易产生触痛感的，巧克力囊肿的直径会小于十厘米左右。可以通过腹腔镜检查。
巧克力囊肿的初步诊断，主要是根据B超检查结果来判断。另外，要结合临床病史综合性的分析，这种病人常常伴有痛经的情况，并且呈持续性加重的状态。巧克力囊肿大约有40%-50%的病人，在临床上会有不孕不育的病史。所以，除了做B超检查，还要结合病史综合性的分析。巧克力囊肿如果抽血检查CA125，可能会出现轻度增高的症状，建议尽快手术治疗。手术之后由于具有复发性，所以一定要定期复查。
巧克力囊肿是属于妇科的一种疾病。卵巢巧克力囊肿就是具有活性的子宫内膜种植在卵巢，并且随着月经而发生周期性的局部出血现象，时间久了，就在局部形成囊肿，并且由于都是陈旧性出血，所以切开囊肿会发现是类似于巧克力样的内容物，所以临床称为巧克力囊肿。会伴有痛经，并且有进行性加重的症状，而且会表现不孕不育，要及时做手术治疗。
巧克力囊肿术后是能怀孕，所以不要担心，需要看一下平时的月经情况的，怀孕前需要全面体检看一下，注意看看经期的情况是否规律或者预防囊肿反复的情况，巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种临床表现。因为妊娠可使子宫内膜停止生长，所以巧克力囊肿术后应尽早妊娠可以提高受孕几率。
巧克力囊肿常伴有原发、继发不孕史或继发性痛经，或有不明原因的盆腔疼痛和性交痛等。去内诊检查，囊肿下缘有明显的触痛。腹腔镜检查是诊断最可靠的方巧克力囊肿法之一。因此可以通过有效的检查手段到专科医院明确病因后对症治疗以免延误病情。
巧克力囊肿不严重是可以治疗好的，可以采用中药治疗并定期随访检查，中药通过活跃肝脾之脏腑，可以达到调节气血平衡、全面调理内分泌系统进而治疗巧克力囊肿的目的，但是也可以选择其他治疗方法，比如保守性手术、激素疗法等。