经验丰富的医生往往下刀准确，能找准病源并做到一次根除，不留后患，但一些医生因为缺乏临床经验，所以一些病患不久后病情再次复发。治疗好后要注意的事项非常多，尤其是肛肠类的疾病，手术后刚开始几天要保持清淡的饮食、避免辛辣食物；同时还不能久坐。
宫颈囊肿主要是由于宫颈的慢性疾病导致的，平时的慢性宫颈炎阴道炎都会引起宫颈囊肿，做了手术之后还是有复发的可能的。为了减少复发。在手术之后还是要注意会阴部的卫生，定期做妇科检查，平时性生活前后都要清洗，有炎症积极的治疗。
前列腺囊肿是容易复发的，在治疗上应以综合治疗为主。到正规医院进行检查，根据病因有针对性的治疗，治疗后注意个人护理，能有效降低复发概率。多吃一些新鲜的水果和蔬菜。
卵巢囊肿切除术后，应做病理切片进一步明确卵巢囊肿性质。术后应定期进行检查，因卵巢囊肿形成机理不明，卵巢排卵、卵巢组织增生则仍可再次形成卵巢囊肿。如较常见的卵巢巧克力囊肿，易复发，需通过使用口服避孕药、GnRH预防复发。
巧克力囊肿的复发率也是很高的，甚至更高。这主要是因为巧克力囊肿会造成囊肿壁与子宫组织发横粘连，手术很难将囊肿完整切除，在切除过程中多数会造成囊肿破裂，引起复发。吃药期间可以抑制囊肿不增长，但是巧克力囊肿的囊液根本不会因为吃药而消失。囊肿长大到一定程度由于囊内张力增高会导致自行破裂，可能由原来的一个囊肿发展成为两个甚至多个，由只是单侧囊肿发展变成双侧都有，所以要及早选择合理方法。
前列腺囊肿单以保守治疗大多效果不佳。而单纯穿刺排出囊肿液可暂时缓解症状，但往往数日后分泌物又重新蓄积，再次形成囊肿而复发。反复穿刺易引起感染。因此，前列腺囊肿不能靠单纯穿刺来完成治疗，其治疗方案应以综合治疗为主。