甲状腺功能低下患者需要通过药物治疗，同时还需要服用一定数量的甲状腺激素。
在饮食上，摄入适量的碘，避免食用易引起甲状腺肿大的食品，以确保蛋白质供应，并改善和矫正甲状腺机能。
甲状腺功能减退症患者要多休息，避免过度紧张、劳累，饮食要高蛋白、高热量食物，同时要进行抗贫血的治疗，补充铁剂、叶酸、维生素B12等。
中医认为，阳虚是导致甲减的原因，因为阳虚则生内寒，不能温暖脾土，采用中医可以很好的改善甲状腺的功能，达到治愈。甲状腺功能减退症状可见怕冷、少言乏力，表情淡漠、唇厚舌大，皮肤干燥发凉，眉毛稀疏。
先天性甲状腺功能减退症，是小孩逐渐表现出明显临床症状的先天性疾病，可能是甲状腺自身疾病引起的，也可能是其余部位病变引起甲状腺功能减退症的继发改变。
典型的临床症状主要是儿童看起来难看，例如头大、脖子短、皮肤粗糙、脸色泛黄、脸红肿、眼距宽、鼻梁低而平等等。儿童一般表现为精神较差，不活动，对周围事物不太感兴趣，怕冷，呼吸心率通常比较快，生长发育相对落后。这类疾病需要早期发现、早期治疗，才能使儿童恢复正常。
原发性甲状腺功能减退症可以通过药物治疗改善，具体分析如下：
左甲状腺素钠片是原发性甲状腺功能减退症的首选药物。补充的剂量取决于体内的甲状腺激素不足。在补充甲状腺素时，要定时复查，同时要根据甲状腺功能的不同，调节甲状腺激素的用量。妊娠妇女的甲状腺功能要求较一般人群高，需由专业人员进行调节。建议积极配合医生治疗。
可以口服甲状腺激素类的药物，根据孩子的体重以及甲状腺功能，在医生指导下选择合适的剂量专项治疗。新生儿患有甲状腺功能减退症很有可能是先天性的，也有可能是终生性的。是很难治疗的。
甲状腺功能减退的治疗可分为两部分，具体如下：
第一、亚临床甲减是指不用吃药的甲状腺功能减退。促甲状腺激素(TSH)在5-10之间，多根据临床症状决定是否用药。如果TSH在5-10之间，患者没有任何临床症状，暂时不用吃药。合并乏力、嗜睡等临床症状，超声出现巨大结节，建议使用甲状腺激素片，少量终身替代治疗，可缓解乏力症状，抑制甲状腺结节增多。
第二、酪氨酸TSH大于10时，理论上需用酪氨酸片替代治疗一辈子。甲状腺激素片应根据年龄、心脏状况及活动量，由少量逐渐加量监测甲状腺功能。