通常情况下，生殖器的损伤，尿道炎等都会引起生殖器的疼痛。阴茎、前列腺、阴茎内部和尿道都是由阴茎、前列腺、阴茎内部和尿道组成的。
如果患者由于各种创伤造成的生殖器官损伤，会造成局部的挫伤、撕裂、流血等症状，从而引起生殖器的疼痛。尿道炎是由于阴茎内的尿道发生了弥漫性的炎症变化，引起了生殖器的疼痛。患者需要到医院就诊，在医生指导下对症治疗。
这种有可能是尖锐湿疣的尖锐湿疣是性病的一种主要就是以生殖器或肛周等潮湿部位出现丘疹乳头状、菜花状或鸡冠状肉质赘生物表面粗糙角化为典型症状，可以到正规医院男性科室看看。
痒还在生殖器上面长了小水泡考虑是龟头炎所致，多因内裤摩擦、创伤或肥皂、清洁剂局部刺激引起。表现水肿、红斑、渗出、糜烂，继发感染有脓性分泌物，易形成溃疡，自觉疼痛。
如果说男性出现了生殖器部位的疼痛，首先考虑炎症刺激导致的，特别是尿路的炎症以及包皮龟头炎，睾丸炎，附睾炎都容易导致生殖器部位的疼痛。再就是考虑前列腺的问题，如说有前列腺炎，前列腺急性的增生，也容易导致生殖器部位的疼痛，但是这种疼痛主要以阴茎根部以及小腹部疼痛为主。
可能为脂肪颗粒或粟丘疹。顽固的脂肪粒会需要较长时间才能祛除，不过恶意的抠、挤，会破坏皮肤组织，容易造成感染。粟丘疹为表浅的表皮囊肿，发病缓慢，可持续数年，最后自然脱落而形成疤痕。这种不用紧张，注意局部卫生，每日清洗龟头和包皮，如果还有其它的状况，必要时可到正规三甲医院检查，明确诊断，及时治疗。
应考虑为生殖器疱疹，如果符合以下症状，就是生殖器疱疹。生殖器疱疹临床表现中可分为原发和复发两种．原发疱疹指首次感染病毒，一般从接触到发病约2-10天，也就是疱疹潜伏期．患病部位先有烧灼感，很快在红斑基础上发生3-10个成群的红色丘疹，伴有瘙痒，丘疹很快变成小水疱，3-5天后变为脓疱，破溃后形成大片的糜烂和溃疡，自觉疼痛，最后结痂愈合．整个病程可持续20天左右。