确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
一般患有附件巧克力卵巢囊肿的都会出现月经量增多、月经周期延长等症状，情况严重的甚至会导致贫血、脸色苍白等一系列不适。附件巧克力囊肿与内分泌失衡有关，而内分泌不调也会在极大程度上影响女性正常的卵巢功能，因此临床上上绝大多数附件巧克力囊肿都会伴随有不孕症的出现。
附件巧克力囊肿症状有：痛经、性生活痛、月经不调、腹膜炎和不孕，建议腹腔镜手术剥除囊肿，分离盆腔粘连，预防巧囊复发，建议尽快完成生育计划，以免出现避孕症，建议当地医院妇科就诊检查。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的。对于巧克力囊肿的治疗，除了进行手术以外，不论是采取哪一种治疗方法，都有可能复发。是要根据自己的年龄以及生育要求等进行分析，选择合适的治疗方法。
卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效。
附件巧克力囊肿会自己消失。巧克力囊肿就是子宫里面内膜异位症的一种，属于良性肿瘤。如果其生长的速度太快，那么必要的时候就需要做手术。假如没有什么生长，那就没什么问题了，因为这种巧克力囊肿随着时间的推移也会逐渐自行消失的。
