肛周脓肿早期可以用抗生素来控制进一步发展，但是如果已经形成脓肿了那就不是吃药的问题了，那就需要手术治疗了。可以做肛门镜检查，以明确具体诊断，方便进一步治疗。
肛周脓肿确实是肛门周围的炎症变化，根据中医治疗需要解毒。然而，由于肛周囊肿的特殊性，单纯解毒不能解决根本问题，其最重要的治疗方法是手术治疗。因为肛周脓肿是连接肛管和肛门外部的感染病灶，而不是简单的皮肤疖。因此，治疗原则是去除肛管内外连接的所有感染病灶。临时治疗是切开并引流肛周脓肿。
肛周脓肿可以做收缩肛门的运动，也叫提肛运动。肛周脓肿手术后头几天还是要尽量少运动，多卧床休息。这种运动对于卧床，久坐的白领，久站的劳工等都有好处，平时要注意卫生。
肛周脓肿术后饮食根据肠胃肠道内环境来调控，不需要早期就控制饮食，建议做完手术后，恢复到正常饮食即可，比如可正常吃点米饭、蔬菜、肉食。早期时可适当控制，注意清淡饮食，海鲜、海产品、菌类，以及容易引起肠道不适的食物要适当控制，一般不需要对饮食有太强要求。
引起肛周脓肿的病因较多，主要原因有以下几个方面：1、感染性因素：感染是引起本病的主要原因。2、医源性因素：临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。3、手术后因素：临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿。4、其它：直肠内异物损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下。