如果进行肛瘘手术，情况通常是痛苦的，但不是很痛苦。只是需要很长时间，并且需要频繁更换敷料，这使得更加复杂。此外，应尽量避免便秘，要给宝宝一些蔬菜和水果以保持排便通畅。有助于改善婴儿的症状。
—般无疼痛感，仅觉肛门口坠胀或坠痛，当脓液引流通畅后肿痛马上减轻。有时可因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。若外口暂时闭合，脓液积聚，可出现局部肿痛，并可伴发热，畏寒等全身症状；外口破溃脓水流出后，症状可迅速减轻或消失。
肛瘘手术属于小手术，比较简单，没什么痛苦，要去正规的公立医院肛肠科采取手术治疗，平时需要注意保持局部清洁卫生预防感染。不用担心，这种手术很简单，而且不会有疼痛感的。
肛瘘手术过程不是很痛苦的，肛痿手术是不会叫患者感觉到特别痛苦的，因为手术过程中有麻醉药的效果而避免各种疼痛，虽然术后也是需要认真调理一段时间，也会有一些疼痛出现。
肛瘘最主要的治疗办法是选择手术，需要在麻醉支持之下进行，手术治疗过程中没有疼痛的感觉，但是，在麻醉作用消失之后，就是痛觉恢复之后，病人也会感觉到肛周疼痛。