通常来说，肾结石手术不会引起肾囊肿，具体分析如下：
肾囊肿的发生与肾结石无关，它是由一段肾小管单独形成的，导致一种囊性的变化。一般囊肿直径小于4cm以下都不需要做特殊处理，直径超过5cm的囊肿可以通过腹腔镜下肾囊肿做去顶减压手术，属于微创手术，对肾脏的损害不大。肾结石术后出现肾囊肿，一般不是因为肾结石，而是因为以前的肾囊肿。
肾囊肿是成年人肾脏最常见的一种结构异常，可以为单侧或双侧，一个或多个，直径一般2cm左右，也有直径达10cm的囊肿，多发于男性。出现的腰部疼痛，可能和肾囊肿有直接的关系。如果囊肿较小，一般不需做什么特殊的治疗，如果肾囊肿超过5厘米，甚至是10厘米，对局部产生压迫症状，应该进行硬化或手术治疗。
肾囊肿如果较大，比较明显的压迫肾实质导致肾实质变薄，或者可能与肾盂接触导致肾盂、肾盏受压，可能会引起尿蛋白，也就是蛋白尿，但患者还需要去肾内科积极就诊，以排除其它疾病导致的蛋白尿，如肾病综合征或者肾炎综合征也会引起尿蛋白，但患者应该明确是否存在血尿、蛋白尿、高血压、水肿或者高脂血症。
右侧肾囊肿会引起腰疼。比较小的囊肿在检查时容易发现，极少数可能会因为囊肿破裂出现肉眼血尿、尿常规检查有潜血等表现，任何症状的，都可以不用做任何的处理，定期做彩超复查，随访观察即可。
肾囊肿是否会引起腰疼，要看囊肿的部位、大小和数量。囊肿直径小于五厘米的情况不会有任何感觉和不适。若囊肿直径比较大，会产生疼痛，如是合并感染，会因为感染出现发热胀痛的情况。