复杂性肛瘘合并内痔可能需要很长时间才能治疗，通常可能需要手术切除，普通手术或微创手术都可以做，通常在家多喝水，多吃水果蔬菜保持大便通畅，避免便秘大便干燥疼痛出血，不要长时间坐着进行适度运动，可以用温水清洗肛门。
复杂性肛瘘加内痔采取抗炎药物，凉血止血等药物治疗，同时注意饮食，避免着凉，只能够缓解症状，不能彻底解决问题，容易反复发作。及时到正规公立医院肛肠科就诊，由专科医生根据实际病情采取手术治疗，效果是比较好的。
术后恢复期在一个月至三个月。内痔肛瘘手术是特殊部位，感染几率大，所以术后护理很重要。禁食辛辣刺激性食物，早期卧床休息，定期换药，能保持伤口的清洁卫生。不要做过于激烈的活动，以免使快要愈合的伤口再次破裂。
一般费用在2千元左右。肛瘘手术的费用都不是特别高，可以去正规的医院接受治疗，价格相对比较公道。肛瘘多数的肛周脓肿后留下的后遗症，是肛门处常见多发病之一，手术费用每家医院不一样。手术后要注意患处卫生，按时清洗。要去当地公立医院肛肠外科手术治疗，术后按时消毒或坐浴。
肛瘘手术内痔硬化剂注射只适用于内痔。痔疮是可以分很多种的，可以分为内痔，外痔和混合痔，只能缓解一时，如果是有脱出，反复发作，要做手术。注意合理饮食，排便顺畅，保持心情愉悦。
如肛瘘的分泌物多时，内裤要勤换、勤洗暴晒，也可用肛门带保护肛门，以免过多污染内裤。肛门带亦要经常换洗，去当地三甲医院或三甲以上的医院检查治疗，要彻底治疗肛瘘，手术是唯一的办法。其中女性得了肛瘘以后应积极治疗，一般常用挂线及切除的方法。挂线多在门诊做，术前要做好配合，不要精神紧张。术前日晚间洗澡更衣，尤其是肛门及周围皮肤要用肥皂多洗几遍，晨起将大便排净。