真菌感染的灰指甲的治疗以系统用药为主，具体分析如下。
具有的药物使用情况需要根据患者的身体状况和病情等多种因素来选择不同的口服抗真菌药物。同时需要配合使用外用抗真菌药物，可以选择的药物包括阿莫罗芬擦剂。在用药后一段时间后，病情应当得到好转，如果病情未得到好转，需继续用药，并及时去医院检查病情进行针对性治疗。
灰指甲一般是由于真菌感染引起了，可以服用一些抗真菌的药物进行治疗，另外也要注意个人卫生。首先考虑是甲癣，由于真菌感染引起的皮肤病，可以外用药膏涂抹，一天两次，使用两周，同时要勤换鞋袜，保持患处干燥透气。
出现灰指甲是真菌感染导致的疾病，多见于患有脚气等真菌感染性疾病的人，可以使用灰甲净，亮甲等药物进行治疗，另外如果有脚气，需要同时治疗，可以使用抗真菌药物治疗。注意鞋袜的卫生，保持脚部干燥。不要混穿鞋子，防止出现传染。
真菌感染导致的灰指甲也就是甲真菌病，需要根据抗真菌药物的抗菌谱，以及真菌培养出来的结果，选择口服合适的抗真菌药物。指甲的真菌感染可以引起甲真菌病，甲真菌病是比较难治疗的，有些容易复发，所以，要根据病情以及临床症状选择合适的治疗方案。比较局限的甲真菌病可以选择外用药，例如冰醋酸外涂，每日一次，外用3-6个月以上。
灰指甲，应该及时尽早进行治疗，如果不及时治疗，有可能会传染给正常的指甲以及感染给家人。另外个人的用具也应该单独进行使用。疾病早期可以局部涂抹，至少应该涂抹1到2个月才有效果。
灰指甲真菌感染可以口服和外涂药物治疗。由于自身免疫力差，真菌感染导致的灰指甲，不要吃辛辣食物，刺激性食物，一定要多注意卫生，多喝点温开水，多吃点新鲜青菜水果，多注意休息，多运动增强抵抗力。