无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿有压迫症状了，建议早期手术治疗是最好的治疗方法。手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害。
随访观察：小囊肿可观察，无需处理，定期复查即可；B超下穿刺吸液：在超声引导下穿刺吸液，有一定的效果，但此方法易复发，且再次手术时可能发生粘连；腹腔镜肾囊肿去顶术：为常用方法，把整个囊肿的囊皮去掉，复发率低。
如果是单一囊肿，没有影响到肾脏功能，可以考虑暂时不进行外科手术治疗的，平时注意休息，其次就是定期复查看看囊肿是否有进行性长大的情况存在，如果继续长大，及早手术还是比较好的。对于囊肿目前还没有药物进行治疗，主要是外科手术或者是观察。
中药治疗没有效果。肾囊肿主要是由于先天发育形成的良性肿瘤，对身体不会造成不良影响，如果直径不超过五公分，也没有腰酸腰痛等不适症状的话，一般不需要特殊治疗，注意休息，避免劳累，定期复查，如果生长速度快，直径超过五公分或出现腰酸腰痛等压迫症状的话，可以考虑手术切除。
可以通过药物治疗，必要的时候可以采取手术切除，可以采取B超引导下肾囊肿穿刺进行缓解，一定要做好保暖措施，避免身体过于劳累，可以做彩超检查，明确囊肿的大小，位置，数量，来更好的检查，保持一个规律的作息时间。
无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿大于5cm且有压迫症状了，建议早期手术治疗(囊肿去顶减压术)是最好的治疗方法。手术治疗通常采用囊肿去顶减压术。此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。手术成功的关键是尽可能早施行手术，囊肿减压必须彻底，不放弃小囊肿和深层囊肿的减压。