肛周脓肿，在各大城市三甲医院都可以治疗，如果已经出现肛周的脓肿，一般的治疗方法就是手术治疗，局麻下给予手术切开引流脓肿，将脓肿里的脓液排出，减轻肛周的疼痛、肿胀感。对脓肿内给予消毒，用碘伏、双氧水冲洗，之后放入药条，每天进行常规的换药，使脓肿能够逐渐的减小。根据肛周脓肿的病因，再进行下一步的治疗，多数都是肛瘘引起的，可能需要再次切除肛瘘。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿的治疗方法，有两点，第一点，少数得肛周脓肿，可以通过抗生素热水坐浴去不理疗，来达到治疗的目的，第二点，单纯是肛周脓肿，可以取结石位或侧位用局麻或者腰麻在脓肿部位做放射状切口放出脓液以后，用手指探查脓腔大小，分开其间隔进行充分引流。
肛周脓肿保守治疗是以抗生素治疗为主，可以口服抗生素，如果消炎药物治疗效果不好，有的需要手术切开引流，后期形成肛瘘后行二次手术，平时饮食清淡，少吃辛辣食物以及烟酒。避免就蹲久坐久站，保持大便通畅，排便后清洗肛门，相关药物坐浴，定点定时排便。
肛周脓肿手术后。不需要特殊的禁食。主要是忌食辛辣。油腻。早期通过科学的手术治疗，绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得治疗。高位脓肿病情复杂，存在反复发作可能。肛管直肠周围脓肿的发病有多方面的原因，但肠道菌群失调与免疫力下降是最根本性的，因此预防肠道菌群失调，不要吃一些产生胀气，容易诱发菌群失调的食品。
服用药物治疗肛周脓肿时，一些药物和一些饮食是不能同时吃的。如在服用清热解毒剂时，应该忌吃鱼、虾、羊肉、香菜、韭菜等，竹笋、狗肉、海鲜等食物也不要吃。平时注意多喝水，饮食要清淡，忌辛辣，凉寒，油腻食物，注意个人卫生，勤洗澡，勤换衣物，保持私处卫生，对内衣勤暴晒杀菌处理。