电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。
如果已经确诊肛瘘，一般不会自行恢复。如果不及时治疗，还容易加重。它的治疗方法有药物治疗和手术治疗。是否采取哪种方式一定去正规医院让大夫确诊以后再选择。平时注意卫生，多喝水。
出现肛瘘的情况是需要去进行治疗的，可以去正规三家医院的肛肠外科进行就诊，做一个肠镜的检查，根据结果来进行手术的治疗，在手术后一定要多注意休息和要避免吃辛辣刺激不易消化的食物。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。
安氏疗法。采用探针检查和双氧水灌注的方式，准确检查内口，这种科学的检查方式准确率高达99%，为下一步治疗提供依据。接着，对病灶部位进行治疗。对肛瘘的治疗采用微创的小切口，对主要的病灶部位切开，对口引流，对内口和外口分解处理，部分切开部分保留，化复杂为单纯。