肛瘘及时手术治疗，拖延下去，容易形成更多的漏管，增加手术的复杂性和疼苦，一般药物保守治疗效果甚微，局部清洁卫生，用合适的药物清洗，饮食清淡，应用消炎药物避免感染。
肛瘘可以治好，对于肛瘘治疗的原则就是采取手术方法进行治疗。单纯性肛瘘未见症状反复发作，肛瘘处于静止期，可以暂时观察。对于肛瘘反复肿痛、流脓、反复发作，因为肿痛、流脓反复发作可以刺激局部组织增生，反复增生容易造成局部组织恶变的可能性，所以及早采取手术的治疗方法，彻底解决。
可以采用手术治疗，有传统手术与微创手术两种，应该在发现后尽早接受治疗，才能更好的恢复。平时也要注意饮食清淡，多吃蔬菜水果，不要吃刺激性的食物，同时也要注意局部的卫生。
部分肛瘘是可以不用手术的，忌食有刺激性的食物，辛热之品易使肠胃发作湿热，多食蔬菜水果，如苹果、香蕉、梨等；加强肠蠕动而通利大便，调整胃肠气机。宜食蜂蜜，有清热补中，润燥滑肠，为通调大便之佳品。宜食粗纤维食物，如芹菜、韭菜等。
肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。