治疗方法有以下两种，药物治疗：西医治疗扁平疣一般多会以药物为主，药物治疗扁平疣多从抗病毒、增强免疫功能方面下手。激光治疗：是目前治疗扁平疣比较常见的一种方法，激光治疗扁平疣在临床有较大优势，激光治疗的方法可以作用到疣体基底，被黑素颗粒吸收，使之凝固破裂和气化。
扁平疣患者平时饮食建议宜清淡，多吃新鲜蔬菜水果，扁平疣患者还可以选择将荸荠削去皮，用其白色果肉摩擦疣体，每日3～4次。每次摩擦至疣体角质层软化、脱掉，微有痛感或点状出血时为止。
可以选择口服抗病毒的药物来进行治疗，或者选择激光来进行治疗症状的，要选择正规的医院，同时要注意术后的护理，做好消毒，以免落下疤痕，不利于皮肤的恢复，注意饮食习惯，不要吃有刺激性的食物为好的。保持皮肤的清洁。
常见的扁平疣治疗方法有外用药物治疗，物理治疗，对于其治疗，我们也是要很小心的，以免蔓延到皮肤的其他部位。扁平疣的治疗方法有很多，选择最适合自己的治疗方法。
不存在扁平疣的最佳治疗方法，较好的治疗方式是冷冻治疗、药物治疗等。
1、冷冻治疗：扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤黏膜所引起的良性赘生物，是疣的一种，冷冻治疗是利用液氮将局部组织快速冷冻起来，破坏组织细胞，使皮损部位坏死或是脱落，直至疣体去除。价格为1000-3000元/疗程，恢复期为1个月左右，恢复后可以化妆和护肤，具体价格受到地域消费水平、医院级别等因素的影响。
2、药物治疗：患者可以在医生的指导下使用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药物来治疗，这些药物可以抑制培养的正常人皮肤角质形成细胞，避免病情发展。
扁平疣治疗上可以选择皮肤专科进行激光或者冷冻治疗，也可以配合外用一些抗病毒的药膏，具体用药请遵医嘱，中医方面也可以选择火针治疗。一般扁平疣主要是因为体内病毒感染以后导致的，多数可能没有什么瘙痒或者疼痛的症状，治疗以后饮食切忌辛辣刺激性的。