主要采用抗病毒治疗。治疗的目的主要是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程及防止继发感染等。目前的治疗方法尚不能达到彻底清除病毒、消除复发的效果。生殖器疱疹的病在目前只能是药物控制，没有办法根治的，平时不要抽烟喝酒，不要吃辛辣海鲜等食物。也可以中医治疗。
目前主要是一个反复发作的生殖器疱疹问题，这是一个性传播的疾病，主要的感染病原体是疱疹病毒。患者需要注意休息，增强机体的抵抗力，同时需要积极的使用抗病毒的药物比如说阿昔洛韦治疗，这是一个长期的过程，需要定期复查。
在治理的过程当中一般治疗的周期一周就差不多，有个别病人可能需要两周的时间才能愈合，这个病它有非常大的特点就是容易反复发作，很多病人在劳累以后或者喝了酒或者熬了夜以后疱疹就复发了，有很多病人一年复发要超过六次，这种病人他要长期用药，至少要用半年的抗病毒药物。
生殖器疱疹是一种传染性极强，复发率极高，临床难治的性传播疾病，虽然是一种顽疾，但并非不治之症。治疗难点在于彻底杀毒，不留后遗症。西药起效比较快，可缓解或改善生殖器疱疹的不适症状。对重度的生殖器疱疹，尤其是反复发作、久治不愈的症状，光吃这些药基本无用。目前通过单纯性服用中药治疗生殖器疱疹较少见，通常仅用于辅助治疗，诸如一些清热解毒的中成药或草药，对临床不适症状的缓解有一定帮助。
得了生殖器疱疹后要杜绝不良性生活，同时性伴侣也要同时治疗，避免交叉染。最主要还是注射增强免疫力的针剂，同时加强锻炼身体。治疗一般要保持疱疹壁完整，清洁与干燥，防止继发。
诊断方法：生殖器疱疹在生殖器上有群簇或散在的小水疱，后破溃形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。从皮损处取标本作病毒培养，发现有单纯疱疹病毒和细胞病变。通过聚合酶链反应（PCR）等方法检测HSV-2核酸。