小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
可能是细菌感染导致的，适当使用抗生素来治疗，给孩子补充水分，防止脱水，也可能是肠胃功能不好引起的，适当通过小儿推拿进行肠胃功能的调理。多食用新鲜蔬菜和水果，少吃刺激性食物。
腹泻婴儿可分为两类，即感染性肠炎和消化不良。首先，你需要去医院做常规大便检查。如果大便有炎症，你应该考虑肠炎并使用抗炎药物来控制感染。如果婴儿年龄较小，且反复肠炎，也应考虑乳糖不耐受或肠道过敏的可能性。
要适量的喝点淡盐水来补充无机盐，让身体内的内环境保持渗透压平衡，减轻身体不舒服的感觉，还有就是在这时间饮食要注意，尽量的清淡，可以多喝一些清粥来调理肠胃，减轻肠胃的压力负担。
导致小儿秋冬季腹泻的常见原因是消化系统发育不成熟，酶的活性差，营养需求高，肠道负担重，吃太多淀粉类、脂肪类食物，会导致消化功能紊乱，从而引起腹泻。
1、免疫力低，小儿神经系统、分泌系统、循环系统、肝肾功能不成熟，性能差，免疫功能不成熟，病原菌随食物进入人体导致腹泻。
2、轮状病毒感染，这是导致小儿秋季腹泻的主要原因，人工喂养的小儿较常见，喂养时用的器皿和食物，没有消毒或消毒不彻底，可能感染病毒。
3、呼吸道或水源感染，这种情况在8-12个月时多发，以10-11个月达到高峰，因为温差大，忽冷忽热，容易导致感冒腹泻。
小儿秋季腹泻常见的病原体有轮状病毒、柯萨奇病毒两种。
轮状病毒是导致小儿秋季腹泻的主要原因，病毒会通过粪口传播，或经气溶胶的形式经呼吸道感染。6个月到3岁的孩子是主要发病人群，因10-11月份是常发季节，因此又叫小儿秋季腹泻，潜伏期1-3天。是一种自限性疾病，病程约在3-8天，目前没有针对轮状病毒的特效药。