甲状腺萎缩一般是要长期的口服药物才可以。治疗上需终生服用甲状腺素，自己要能按时服药，定期复查甲功，根据甲功情况调整用药，平时避免吃可导致甲状腺萎缩的食物。
甲状腺萎缩的原因可以是萎缩性甲状腺炎。
部分患者体内存在抑制甲状腺细胞生长的免疫球蛋白，可能是甲状腺发育不良、部分发育不良或完全发育不良，甲状腺经碘131放疗后发生甲状腺萎缩。彩色多普勒提示甲状腺萎缩，应检查甲状腺功能。患者甲状腺功能维持在正常范围内，需密切随访，出现甲状腺激素减少，需替代治疗左甲状腺激素片。
可以采用西医处理方法；用含有甲状腺素的药物来补充身体内的甲状腺缺失，来缓解症状。手术治疗：针对严重的甲状腺萎缩患者，手术时行中央区淋巴结清扫，易损伤喉返神经及甲状旁腺，是较好的治疗方法。
甲状腺萎缩的原因病毒感染等因素造成的甲状腺炎，那么萎缩以后很容易出现甲状腺功能减退。也有可能是先天性的，或者由于自身免疫等因素，需要及时治疗，并且补充甲状腺激素治疗。
甲状腺萎缩还能治，引起的这种萎缩的情况。要到专业的内分泌科检查甲状腺功能和彩超来做出一个明确的判断，如果甲状腺素明显下降是要进行药物补充的。治疗期间要少吃辛辣刺激性食物。
甲状腺萎缩就要及时的上医院进行检查，检查病因，根据甲状腺萎缩及抗体检查结果，来选择相对应的治疗方式，对于甲状腺萎缩来说，及时的发现必须及时的进行治疗，这样才能够保证身体健康。
