患有卵巢囊肿的治疗方法，是要看个人的情况来决定的。生理性囊肿不需要特殊处理，定期复查妇科超声，通常会2-3月经周期会消失。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，症状明显的可以手术治疗，术后要配合药物治疗。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿的治疗方法根据大小来确定，如囊肿直径小于5厘米，多为功能性囊肿，可以服用药物治疗，并定期检查。若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，一般需要通过手术治疗。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。包块大于4-5cm，且持续存在，无法排除恶变的情况下，需进行盆腔探查，明确性质，同时进行治疗，如为恶性病变还需进一步扩大手术范围。
在月经期出现疼痛，称为痛经，就不一定是囊肿的原因，月经已经干净了，出现明显的疼痛有囊肿的情况下，要注意检查是不是出现了卵巢囊肿蒂扭转，出现了是需要手术的。需要及时去医院检查，医生的体检以及B超的检查判断是否卵巢囊肿蒂扭转，以决定相应的处理。
孕期卵巢囊肿的治疗方法如下：
卵巢囊肿其实就是卵巢组织异常增生而引起的肿瘤，可以是良性的或者是恶性的肿瘤，也可以是发生在单侧或者是双侧的。一般多见于20-50岁的女性，可导致女性不孕和激素水平的紊乱。怀孕后出现的卵巢囊肿分为生理性和病理性两种。如果出现一些紧急情况如囊肿蒂扭转或破裂时,临床表现为突发的腹部明显疼痛、恶性呕吐，应该立即就医进行手术治疗！
