诊断标准主要是结合基础病因，临床表现，以及辅助检查进行综合诊断，对于肝癌诊断的金标准还是要进行肝占位活检组织病理学，可以确诊肝癌。鉴别诊断血清AFP阳性时。HCC应该与下列疾病进行鉴别：慢性肝病：如肝炎、肝硬化，妊娠、生殖腺或胚胎型等肿瘤，消化系统肿瘤。血清AFP阴性时，HCC应该与下列疾病进行鉴别：继发性肝癌、肝内胆管细胞癌、肝肉瘤、肝脏良性病变。
肝囊肿和肝癌的CT鉴别，主要表现在肝囊肿是一个低信号的良性肝内占位，而肝癌是一个低密度或者是等密度的占位。它们的鉴别主要是通过肝脏的增强CT来看，囊肿是不会有增强的，不会有强化；而肝癌多半是由肝动脉供血或者是静脉供血，会有增强期、动脉期，会有强化。
很多肝癌早期可能表现出类似于肝炎的症状，有右上腹的轻度胀痛不适或者有黄疸，还有食欲减退等症状，这些属于肝癌早期症状，一些可能会伴有黑便，这个也不是在所有的肝癌都有的，其他的一些胃肠道的病变也有可能有黑便。
肝癌这种疾病主要发生于中老年，男性，并且也多数是有饮酒的病史，那么临床表现主要是肝区疼痛乏力，食欲下降，体重减轻黄疸，那么肿瘤的后期还会并发大量的腹水，表现为贫血和低蛋白血症，而对于早期确诊应该早期选择手术治疗。总的来说只要保持一个良好的生活习惯，一般是不会患有肝癌的。
和肝硬化相鉴别的疾病包括下列两种，第一就是肝癌，因为肝硬化也容易转变成肝癌，和肝癌有相类似的症状，包括肝区疼痛，乏力，黄疸，也容易并发脾大，门脉高压，化验检查的检查可以明确诊断，也就是甲蛋白测定是一种特异性的肿瘤标记物，肝癌的明确诊断指标。第二，慢性肝炎的病人也会表现为肝脏是密度不均匀，但是ct不会发现明显的纤维化或者结节。
