卵巢囊肿一般都是由于有附件的炎症，或者是有子宫内膜异位症导致的。中医来讲，是由于卵巢周围有寒湿，血瘀导致的，所以治疗起来一般都是活血化瘀，祛寒湿。另外遗传性加上饮食不当，内分泌失调，也有可能引起卵巢囊肿。
卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿是女性比较常见的一种良性肿瘤，绝大部分的卵巢囊肿都是良性的，对于卵巢囊肿的治疗可以使用中药来治疗。可以服用消肿散热的中药。在使用药物治疗之后要休息定期去复查。
卵巢囊肿的消除应该视病情而定，小于五厘米又没有查到明显的肿瘤指证的病人，多为功能性囊肿，可以密切观察，2至3个月检查一次，视病情情况采用药物治疗，中药西药都有比较明显的疗效，肿囊肿直径大于五厘米，则多为卵巢肿瘤，对此应该采用手术治疗，卵巢囊肿的危害相对比较大，因此必须认真对待，积极治疗，可以到正规医院诊治。
卵巢囊肿以手术治疗为主，卵巢囊肿分为肿瘤性和非肿瘤性两类，其中，与非肿瘤性的种类，分为生理性和病理性的两种类型。对于生理性的卵巢囊肿，可以不必治疗，定期观察即可。对于直径小于五厘米的病理性的卵巢囊肿，使用药物治疗或是物理疗法。直径大于五厘米的卵巢囊肿需要手术治疗。卵巢的恶性肿瘤，及时采用彻底的手术治疗的方法。
如果单纯的将囊肿剔除，在饮食上加强营养，注意休息，大概在一个月左右，身体就会完全的康复，如果因为怀疑囊肿有恶变或者其他原因，同时将卵巢一并切除，术后的保养是非常有讲究的，因为卵巢切除术后，往往会导致更年期症状的出现，如潮热、多汗或者失眠健忘。比如多吃含有植物性雌性激素或者动物性雌性激素的食物，如豆浆、蜂王浆蜂蜜、花生酱等都可以补充雌性激素，减少相应的临床症状，并且要定期的给予复查。
