试管婴儿不能选择性别。目前国内法律明确规定不允许通过试管婴儿技术选择性别。某些私人医院宣传保证生男孩或者生女孩不符合国家规定的，都是以牟利为目的，患者切不可轻信。如果仅为了选择生男孩，是不允许做这种的。
在第三代试管婴儿技术中自然也可以分辨出染色体，也是说可以判断出胎儿的性别。第三代试管婴儿技术是最新的试管婴儿技术，是在移植胚胎之前多了一个进行细胞遗传学或分子遗传学检因为在成功率的问题，往往在培养皿中受精并培养的胚胎不止一个，为了筛选出优质的胚胎，没有鉴定出遗传性疾病，可以安心地移植到子宫内。
试管婴儿不能进行性别选择，除非是有遗传疾病，只能遗传给某一个性别，可以做性别选择，第三代试管婴儿技术允许在国家的生殖伦理范围内，让那些性连锁遗传病患者选择生男还是生女。
为了保持男女正常的性别比例，我国已经明文规定禁止任何形式的非医学必需的胎儿性别鉴定。明确指出：禁止任何单位、个人组织介绍或者实施非医学需要的胎儿性别鉴定和选择性别人工终止妊娠。任何一家正规的生殖中心都绝对不会僭越法律的底线。
试管婴儿是不能够选择性别的，国家禁止性别鉴定的。但是如果存在家族遗传疾病需要选择做第三代试管婴儿，是可以选择性别的。这项技术是比较严格的，它可以把胚胎中的一个细胞检测其基因或者染色体，从而避免遗传疾病的发生。如果遗传病是性染色体连锁的，那么可以通过胚胎的性别检测来避免下一代的遗传病的发生，除了这以外，任何医院或者个人都不允许通过试管婴儿选择性别的。
试管婴儿理论上讲是可以做性别筛选的，因为做试管婴儿之前对精子和卵子要做系统的检查，然后完成体外受精，但是在法律上规定是不可以做试管婴儿的性别排查筛选的，这是违法的。
