治疗的方法有，发病后4.5小时之内到达医院，确定诊断后可以应用静脉溶栓治疗，给予尿激酶100单位至150单位，静脉溶栓治疗。如果超过4.5小时，在6小时之内可以启动动脉溶栓进行治疗。经股动脉穿刺，将动脉导管放置在脑干血管堵塞处，给予尿激酶溶栓治疗是积极的治疗方法，在溶栓治疗后24小时或者不适合溶栓的病人，应该启动抗血小板治疗。
通常来说，脑干血栓不能恢复好。
脑干是人体的生命中枢，支配着人体的呼吸，心脏，消化等生理功能，而脑干血栓是比较危重的急性病,脑血栓形成损害了脑干,引起了颅神经的变化,引起中枢循环、呼吸的变化,引起了椎体束变化,也就是影响了肢体的运动功能及感觉障碍，还可能会造成严重的肢体功能障碍，而且通常不能恢复好。
脑干的血栓多数比较重，轻者可以出现吞咽功能困难，饮水呛咳等。重者可以出现闭锁综合征表现为意识障碍、四肢活动不能、大小便失禁、失语等，生存质量差，至于能活多久和病人并发症有关，如长期卧床很容易出现并发症，比如坠积性肺炎，下肢静脉血栓，压疮等。这些并发症会影响病人的寿命。所以及时处理预防并处理并发症，可以延长病人的寿命。
溶血栓可以吃能溶血栓、抗血小板聚集的药物，饮食上还可以吃些蜂蜜、胡萝卜、海带、绿豆汤等也可以。溶血栓的治疗的方法主要包括药物治疗和手术栓塞切除，如果病人处于疾病的急性期，通常采用外科手术栓塞术结合药物治疗。如果不是处于急性期，选择药物治疗就可以，有溶栓作用，能预防血栓的形成。平时要注意合理饮食，避免进食辛辣油腻食物，注意多休息，避免剧烈运动。
艾灸是一种中医理疗，可以起到一个活血化瘀的调理作用，对于轻度血栓的人，可以起到一个通路经脉的效果。如果是比较严重的血栓保守治疗，艾灸效果就没有那么好了，就需要通过手术处理的。