肛瘘不能自好，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时要避免肛瘘的复发。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
治疗肛瘘可以去肛肠科。肛肠科主要是研究肛管和直肠周围的疾病，肛瘘是肛肠科主要治疗的疾病之一。肛瘘发生在肛门周围，是由肛周脓肿破溃之后发展而来的。及时就行医治可以治好。
肛瘘一旦形成比较好的方法就是手术治疗，肛瘘手术最主要的就是找到内口和清除腐肉，才能够治好，否则复发的几率还是比较大的，要找正规大医院进行治疗，平时注意个人卫生。
得了肛瘘，要吃清淡的饮食，吃饭时，应尽量吃像粥这样的流质食物或者面条饮食。应以平淡、易消化、柔软而富有营养的食品为主，忌食辛辣油腻的食品，宜进食富有营养的，可多煮一些汤服用，有利于排便，也有利于营养的吸收。