肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
肛瘘的早期症状疼痛瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
肛门口周围流脓周期性发作，时有时无，脓液较少。肛门口周围肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肛门口周围有肿块，大部分可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。
肛瘘主要是会出现肛周有红肿并且有分泌物的现象。一般也可以通过直接观察小孩子周围肛门有没有什么异常。肛瘘是肛门直肠瘘的简称，肛瘘一旦形成，很难自愈，手术即是首选治疗.肛瘘源于肛腺的化脓性感染，波及肛周组织和器官，在肛管或直肠部位形成病理性通道.一旦确诊肛瘘，即应手术治疗，并且要及时治疗。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
