以用中药来治疗，促进卵巢囊肿的消散或者吸收，在中药治疗卵巢囊肿的过程中，采用攻补兼施的方法，运用平和的扶气之品、配合活血化瘀；要用峻猛的药品，达到攻补兼施，不能攻伐太过的作用。
卵巢囊肿是很常见的，一般小于五公分的卵巢囊肿，一般是可以采取中药外敷的方法来调理的，如果卵巢囊肿大于五公分的话，一般是要采取手术的方法，手术的方法比较有风险。
如果是单纯性卵巢囊肿，通常用中药治疗。首先，应该进行全面的检查。根据检查结果、囊肿的大小和囊肿的位置，应进行选择方案。如果卵巢囊肿的直径小于5厘米且不是肿瘤，则大多是功能性囊肿，可以用中药治疗，密切随访，每2-3个月检查一次，然后根据情况调整检查间隔。
治疗期间应节房事，忌生冷、香燥、酒类、辛辣饮食，可以尝试苹果醋的，在卵巢囊肿的顶级天然治疗中，苹果醋被认为是最有效的方法之一。这是因为苹果醋可以消除和溶解由于缺乏钾而导致的囊肿。
妇科专家认为，卵巢囊肿这种与内分泌机能失调、促黄体素分泌不足、排卵机能受到破坏有关的囊肿，单靠西医药物控制治标不治本；手术切除有50%以上的复发情况，中医治疗目前认为是比较可靠的治疗方法、无毒副作用、不易复发，但缺点是疗程长。
中医讲究辨证论治。卵巢囊肿根据舌脉表现，痰盂凝结，痰饮停聚而导致气机气滞血瘀，痰饮与瘀血互结阻滞，或气虚血于导致血凝成于，发展为卵巢囊肿。可以区分为气滞、血瘀、痰湿及毒热的证型，需要根据不同证型而用药治疗。