对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除。
如果卵巢囊肿的直径小于5cm，可以临床观察，定期复查。如果卵巢囊肿的直径稍大于5cm，没有不适的感觉，可以口服药物医治。如果卵巢囊肿比较大，直径超过8cm，或者突发卵巢囊肿蒂扭转，亦或怀疑有恶变倾向，则需要手术治疗。手术可以行卵巢囊肿剔除术，卵巢切除术，附件切除术等多种术式。
生理性的卵巢囊肿，不管是右侧还是左侧肿，通常都是不用进行特殊处理，这种卵巢囊肿一般体积比较小，会在月经来潮之后自行消退，建议患者随访观察即可，可以在月经来潮之后再做个B超检查，观察卵巢囊肿是否已经消失。如果右卵巢囊肿过大，超过5厘米，建议及时进行手术治疗，根据囊肿不同的情况可选择行囊肿剔除术或卵巢切除术。
如果在妊娠早期发现肿瘤，可以等到怀孕12周以后手术，以免引起流产。妊娠晚期发现的，可等到妊娠足月行剖宫产，同时切除肿瘤。诊断或者考虑为卵巢恶性肿瘤，应该尽早手术。
左侧卵巢囊肿有可能是黄体囊肿，或是单纯性囊肿的可能性比较大，暂时不需要处理，一般卵巢囊肿不会影响胎儿宫内发育的，可以定期产检复查彩超看囊肿有没有变化，也有可能会自然消失的可能，只要没有扭转，就不会影响怀孕的。
卵巢附件区的囊肿，如果是在5厘米以内可以暂时观察，可以在2次月经干净以后再重新复查。因为很多卵巢囊肿是功能性的，也就是有可能是卵泡囊肿或者黄体囊肿，一般2个月以后就会消失。如果观察2个月，囊肿继续增大或者没有消失，就是卵巢肿瘤，需要做手术。一定不要做剧烈活动，因为卵巢囊肿容易出现扭转。一旦出现扭转，必须要急诊做手术，会出现剧烈的腹痛，时间长了会引起卵巢的坏死，影响卵巢的功能。
