治疗肛瘘要住院术后一周抗感染治疗，两天做好术前准备然后进行手术，所以都是9天左右就可以出院了。出现了之后，也是要继续消毒，继续坐浴治疗，因为没完全长合，挂线也还没掉出来。
部分肛瘘是可以不用手术的，忌食有刺激性的食物，辛热之品易使肠胃发作湿热，多食蔬菜水果，如苹果、香蕉、梨等；加强肠蠕动而通利大便，调整胃肠气机。宜食蜂蜜，有清热补中，润燥滑肠，为通调大便之佳品。宜食粗纤维食物，如芹菜、韭菜等。
肛瘘的治疗方法就一个就是手术，但手术的方法很多，因为肛瘘有简单的、有复杂的、有高位的、有低位的，所以手术方法有很多。有肛瘘切开术、肛瘘切除术、肛瘘挂线术、肛瘘切开挂线术，还有些新的方法，比方说肛瘘修补、瘘管切除，还有好多新的方法，比方说有胶粘，有利普刀的手术、肛瘘镜等。但是最基本的方法，就是把低位的肛瘘切开，高位的挂线。
肛瘘的治疗方法就一个就是手术，但手术的方法很多，因为肛瘘有简单的、有复杂的、有高位的、有低位的，所以手术方法有很多。有肛瘘切开术、肛瘘切除术、肛瘘挂线术、肛瘘切开挂线术，还有些新的方法，比方说肛瘘修补、瘘管切除，还有好多新的方法，比方说有胶粘，有利普刀的手术、肛瘘镜等。但是最基本的方法，就是把低位的肛瘘切开，高位的挂线。
手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合，根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。
