主要是大肠杆菌的感染，另外还有变形杆菌、葡萄球菌、粪链球菌及引起急性肾盂肾炎大多起病急且病情重。应根据病人症状体征的严重程度决定治疗方案。在采尿标本作细菌定量培养及药敏报告获得之前，要凭医生的经验决定治疗方案。鉴于肾盂肾炎多由革兰阴性菌引起，故一般首选革兰阴性杆菌有效的抗生素，但应兼顾治疗革兰阳性菌感染。
急性肾盂肾炎表现为与感染相关的急性间质炎症和肾小管坏死，有发热、尿频、尿急、尿痛及菌尿等症状，若无复杂因素存在，通过使用有效的抗菌药物，可迅速治愈。慢性肾盂肾炎多发生于尿路解剖或功能异常的基础之上，除了细菌性尿感外，还有肾盂肾盏瘢痕形成，肾脏外形不光滑或两肾大小不等，起病较为隐匿，容易反复发作，可导致慢性肾功能不全。
常见的治疗慢性肾盂肾炎的方法为：手术治疗，手术治疗肥大的前列腺，使尿路梗阻得以解除，就可以有效的治疗慢性肾盂肾炎。病因治疗，先查明原因，再根据病因预防及治疗，若病情较轻，可按药敏选择用药，若病情较重，应用大剂量杀菌药治疗。
常见的慢性肾盂肾炎治疗方法有：中药治疗，可服用中药，增强体质及抗感染能力，减少复发，保护肾功能，必要时可采取中西医结合，取长补短。病因治疗，先查明原因，再根据病因预防及治疗，若病情较轻，可按药敏选择用药，若病情较重，应用大剂量杀菌药治疗。
常见的治疗慢性肾盂肾炎方法为：蜡疗，用蜡袋或蜡饼敷于双肾区，温热作用可改善肾脏血液循环，并能增强药物的消炎作用。一般治疗，去除发病因素，尤其是解除尿流不畅、尿路梗阻，纠正肾和尿路畸形，这样才能彻底有效治疗而不再发。
这种疾病的治疗宜尽早控制感染，祛除诱发肾盂肾炎的不良因素和对症处理。同时肾盂肾炎要卧床休息和高热量、高维生素饮食有助于机体恢复，重要的是给予足够的水分冲洗尿路，鼓励多饮水以保持足够的尿量。