肾囊肿可以由很多原因引起，先天遗传因素是肾囊肿最常见的原因之一，基因突变也是引起肾囊肿的发病原因之一，各种中毒对肾脏的损伤，例如常见的毒物有农药、化学制剂、放射线、污染等都会引起肾囊肿。具体原因可以到医院进行检查。
肾囊肿是有很多发病原因，如果家人亲属有得肾囊肿疾病的，可能会出现基因突变，还有就是，感冒也会导致肾病患者肾脏损伤，肾囊肿是一种比较常见的良性病变，也有可能是身体的抵抗力比较低而造成疾病出现。要提高自身免疫力。
肾囊肿如果较大，比较明显的压迫肾实质导致肾实质变薄，或者可能与肾盂接触导致肾盂、肾盏受压，可能会引起尿蛋白，也就是蛋白尿，但患者还需要去肾内科积极就诊，以排除其它疾病导致的蛋白尿，如肾病综合征或者肾炎综合征也会引起尿蛋白，但患者应该明确是否存在血尿、蛋白尿、高血压、水肿或者高脂血症。
右侧肾囊肿会引起腰疼。比较小的囊肿在检查时容易发现，极少数可能会因为囊肿破裂出现肉眼血尿、尿常规检查有潜血等表现，任何症状的，都可以不用做任何的处理，定期做彩超复查，随访观察即可。
肾囊肿一般多见于先天形成。没有明显的异常原因，有可能是与结石及遗传和感染等因素有些关系。如果是有疼痛的情况还是要考虑手术治疗处理才好，药物治疗效果是不太好的，因此主要治疗手段是手术切除囊肿，中小手术，不会有危险性很高的。