治疗脑炎后遗症可以到当地三甲医院的脑外科就诊。治疗疾病可以通过康复训练：认知功能训练、肢体锻炼、语言训练、心理干预、教育疗法、音乐疗法、理疗等。高压氧治疗。中医疗法：针灸治疗、穴位封闭、按摩推拿。
孩子的这主要取决于后遗症的类型、严重程度以及治疗是否及时有效等。建议家属保持平和心态，克服急于求成心理，营造一个有利于孩子康复的宽松环境，同时到正规医院康复中心就诊，在专业康复师的指导下制定功能训练计划，持之以恒的进行锻炼，尽量减轻其伤残程度，提高生存质量。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
神经组织修复疗法治疗脑炎后遗症是采用外周血骨髓血，通过专用的神经因子分离液、提取、纯化后的到临床治疗所需要的神经因子；经过静点，注射或接入等方法将神经因子输入患者体内，利用神经因子具有自我复制和分化的功能来修复体内受损的神经因子，达到机体功能重建的目的。也可药物治疗。
采用多种及时有效的康复手段可以改善后遗症。比如有功能训练、肢体锻炼、语言训练、教育疗法、理疗等。现在有很多脑科专科医院，康复医院，还有很多医院的康复科都不错。
