导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。
其实引起肛瘘的原因还是比较复杂的，主要的原因可能还是人体的抵抗力下降，人体的抵抗力一旦下降以后，这地方的屏障作用就下降了，细菌就会叫乘虚而入，就经过这些缝隙，跑到肛门周围。
肛瘘严重会导降低抗病能力。久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。肛瘘易波及其他器官。由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。还有肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。
肛瘘是由肛周脓肿发展而来，肛周脓肿自己破溃流出脓液或者是经过医生的切开引流，引出脓液以后，就会形成肛瘘。肛瘘和肛周脓肿，可以看作是同一个疾病的不同阶段。形成肛瘘以后，溃口可能会长时间不愈合，经常流脓水。
肛瘘是由于各种原因导致的肛管和外部皮肤之间出现瘘管，分为高位肛瘘和低位肛瘘，其最常见的就是肛旁脓肿，甚至会有粪性分泌物从外口出来。需要及时选择专业的医院进行检查，并根据检查结果进行科学的针对性治疗。