生理性卵巢囊肿包括卵巢潴留囊肿、黄体妊娠囊肿。生理性囊肿一般初次发现，病程短，一般月经干净后复查彩超可以消失。病理性卵巢囊肿一般病程持续半年以上，做彩超可疑卵巢子宫内膜异位囊肿，或卵巢畸胎瘤或交界性肿瘤或卵巢癌，一般需要手术治疗。
如果卵巢囊肿的直径小于5cm，可以临床观察，定期复查。如果卵巢囊肿的直径稍大于5cm，没有不适的感觉，可以口服药物医治。如果卵巢囊肿比较大，直径超过8cm，或者突发卵巢囊肿蒂扭转，亦或怀疑有恶变倾向，则需要手术治疗。手术可以行卵巢囊肿剔除术，卵巢切除术，附件切除术等多种术式。
对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除。
生理性的卵巢囊肿，不管是右侧还是左侧肿，通常都是不用进行特殊处理，这种卵巢囊肿一般体积比较小，会在月经来潮之后自行消退，建议患者随访观察即可，可以在月经来潮之后再做个B超检查，观察卵巢囊肿是否已经消失。如果右卵巢囊肿过大，超过5厘米，建议及时进行手术治疗，根据囊肿不同的情况可选择行囊肿剔除术或卵巢切除术。
巢囊肿一般是内分泌失调引起的，属于良性病变，生长缓慢，如果小于6个厘米，可以先观察，暂时不用手术治疗。建议平时养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。保持良好的心情，不要过度紧张。