巧克力囊肿是没有明显症状，但可能有子宫内膜异位症，子宫内膜异位症可能出现痛经、月经异常。对于巧克力囊肿，药物治疗通常无效。应该考虑微创手术。手术后也需要注射以防止复发。如果子宫内膜异位症引起严重痛经，也可以用药物治疗。
巧克力囊肿一般是通过做彩超就可以确诊。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的表现，主要临床表现就是痛经。但是不一定所有的人都会出现痛经。建议如果巧克力囊肿没有痛经的表现，而且巧克力囊肿比较小，可以暂时观察。如果巧克力囊肿比较大，就需要手术切除。
巧囊引起了痛经可采取对症处理方式、止痛药等来治疗。
巧克力卵巢囊肿引起了痛经，应该进行对症处理，可服用止痛药物，使用止痛药物要通过医生指导进行，一般止痛药物是可以缓解疼痛症状的。止痛药物不能用于长期缓解，所以也可选择通过中医辩证方法来做对症调理。当巧克力囊肿引起了严重的症状，应该做手术治疗来改善。
巧克力卵巢囊肿引起了痛经，在此时应该加强做好护理，要注意经期卫生，饮食营养要合理补充，适当活动四肢，不可剧烈运动，要保持有良好的休息状态。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
巧囊要忌嘴哪些食物主要有寒凉、辛辣生冷食品。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症所致，在来月经时会有腹痛的症状，尤其在行经时勿吃生冷水果，勿食酸醋及螃蟹、田螺、河蚌等寒凉性食物，少吃或不吃有强烈刺激性食品。
囊肿患者是否能正常受孕，需要看囊肿大小而定。囊肿直径小于3-100px，且不影响受孕，可进行先怀孕，但是要做好检查。如果囊肿影响怀孕或直径大于100px，一般需要手术治疗后才可以考虑是否能怀孕。