临床表现是痛经，是子宫内膜异位最明显的症状，也是最容易被忽略的先兆，呈进行性的加重。另外一个症状是性交痛，这也是一个非常明显的信号，可能还会伴有点状的出血，卵巢的巧克力囊肿症状并不是十分的明显。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
卵巢巧克力囊肿的女性病友主要可表现小腹疼痛、小腹不适、白带异常、月经失常，有时同房性生活会发生疼痛。还有就是痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血的症状。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，白带增多、色黄或是有异味有的时候也可出现白带夹有血丝的症状，尤其是会出现性前时疼痛出血等症状。发现有这些症状尽早去医院就诊，避免病情加重。
