如果是单纯的卵巢囊肿，小于4cm的，可以不用治疗，机体能够自己吸收。如果是大于4cm或者为巧克力囊肿，可以考虑手术或者介入治疗。手术治疗可以剥除囊壁，介入疗法创伤小，但是有一定的复发率。
治疗卵巢囊肿，当地的三甲医院就可以，不过到专科医院也就是妇科医院相对更好一些。卵巢囊肿的危害主要体现在卵巢囊肿变大，就可能使病人的下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。囊肿也可能挤压膀胱导致频尿或排尿困难。囊肿甚至有可能演变成并发症、感染、变得扭曲、出血或爆裂甚至影响怀孕。
卵巢囊肿蒂扭转是一种常见的妇科急腹病，大约10%的患者会出现蒂部扭曲。一旦发现，立即进行外科治疗，以切除患者一侧的肿瘤及一侧的附件为主。瘤蒂较大，中心向一边倾斜，其蒂部在突变时可能会出现，而扭转的蒂取取自盆腔的漏斗韧带、卵巢固有韧带及输卵管。临床上常见的临床表现为：体位性变化后，会出现一种突发性的腹痛，并伴有恶心、呕吐、休克等。如果出现该情况，建议患者及时进行治疗。
卵巢囊肿恶性治好率在早期较高，但早期发现困难，可通过妇科的组织活检检查出来。对于卵巢癌治疗有研究显示，卵巢癌病人如果能得到早期诊断，其存活率可能达90％左右，但如果发展到癌症晚期，存活率则只有百分之二十。
一般生理性的囊肿都会消失的，不用处理。病理性的卵巢囊肿如果体积小于3.0厘米，一般不需要治疗。在3到5厘米之间时要定期复查，5.0厘米及上时可以考虑手术治疗。卵巢囊肿手术治疗一般只需要剔除囊肿，不会切除子宫。平时鉴定，主要是通过连续监测三个月，如果月经第三天的时候，卵巢处的囊肿持续性存在，一般诊断为病理性。
