卵巢囊肿应该选择到公立的三甲医院治疗比较好。卵巢囊肿指卵巢内有囊性的肿物形成，分为肿瘤性和非肿瘤性两类。三甲医院有专门的科室，高超的医疗技术，先进的医疗设备，治疗质量有保障。
卵巢囊肿应该挂妇科，卵巢囊肿是女性常见的生殖系统的肿瘤，与遗传，内分泌，环境等有关，有良性或恶性，以囊性多见有一定的恶性比例。如果有必要就到正规的医院检查治疗。
部分巧克力卵巢囊肿是无症状的，只有在囊肿较大时会有下腹不适或者可自腹部摸到腹部包块，伴随扭转或者破裂时会有疼痛。大部分的巧克力卵巢囊肿都是去医院进行超声检查时发现。孕早期囊肿较大，注意休息，避免经常弯腰活动，以防囊肿扭转坏死，如囊肿增大经常伴有腹痛，需手术切除。去专科医院就诊。
不同的卵巢囊肿类型会有不同的表现。如果是在排卵以后出现的生理性的黄体囊肿，是不会有任何明显疼痛的感觉，如果是由于炎症刺激导致引起的炎性囊肿，会伴有明显的腹部疼痛感觉，如果是由于时孕激素等刺激导致形成的普通囊肿，通常不会有任何疼痛感觉，如果是由于子宫内膜异位到卵巢上而形成的卵巢巧克力囊肿，平时不会有任何疼痛的感觉，但是会出现明显痛经的表现。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。
